U razdoblju 1943.–1945., Pula je bila pod njemačkom okupacijom, i tada su se vodile intenzivne borbe s partizanima i savezničke zračne intervencije. Njemački vojnici koji su poginuli u tim borbama ili u savezničkim bombardiranjima, također su pokapani na Mornaričkom groblju. Danas se u jednom dijelu groblja nalazi i njemačka vojna sekcija, obilježena križevima u ravnim redovima.
