Jedan od najtragičnijih događaja u ranijoj povijesti Mornaričkog groblja bio je eksplozija u pomorskom arsenalu 1869. godine, u kojoj je poginulo više desetaka ljudi – vojnika, mornara i radnika. Mnogi od njih su pokopani upravo na ovom groblju, a tragedija je ostavila dubok trag u kolektivnoj memoriji tadašnje vojne zajednice. Na groblju se i danas nalazi spomenik podignut u čast žrtvama te eksplozije.
